Lễ hội tại đền Cống Yên diễn ra trong hai ngày, vào ngày 12 và 13 tháng Giêng âm lịch hàng năm. Sáng sớm ngày 12, các cụ tổ của thôn đã sẵn sàng trong trang phục truyền thống, tham gia vào phần lễ yết một cách trang trọng và nghiêm túc. Lễ yết được thực hiện theo các nghi thức truyền thống từ xa xưa, trong không khí trang nghiêm, với sự chứng kiến của toàn bộ dân làng. Sau đó, diễn ra các cuộc thi và trò chơi sôi động, cùng với nhiều hoạt động dân gian và chương trình văn nghệ, mang lại không khí vui tươi cho lễ hội. Ngày 13 là ngày chính của hội, được người dân trong khu vực chuẩn bị từ nhiều tháng trước. Đầu tiên là đám rước được tổ chức từ sáng sớm, với sự tham gia của thanh niên trai tráng trong làng, diễn ra trong không khí tràn đầy màu sắc.
Lễ hội khai mạc bằng phần dâng hương và lễ thánh, đọc thần phả của đền. Sau đó, hai đội tế lễ nam và nữ tiến hành nghi thức tế lễ, với các bước đi lên xuống mềm mại và độc đáo. Tiếp theo, lễ hội tiếp tục với các trò chơi dân gian và nhiều tiết mục múa hát, do chính người dân trong thôn tham gia và biểu diễn.
Lễ hội này thu hút sự quan tâm của du khách trong và ngoài nước, cũng như người dân từ các vùng lân cận, tìm đến để cùng vui chơi và tham gia vào các hoạt động văn nghệ.